1、辦公室。協助中心領導處理機關日常工作；負責單位文電、會務、機要、檔案、保密、信訪、宣傳、后勤、固定資產、績效考核、安全保衛、綜合治理等工作；負責人大代表、政協委員建議提案辦理；負責黨建、老干、計劃生育、政務公開、干部人事、機構編制、紀檢監察等工作。
2、財務股。負責中心財務工作，會同有關單位擬訂移民資金管理辦法；按有關規定管理移民資金和資產，做好移民資金年度預算和內部審計；會同有關部門做好移民后期扶持政策實施稽察工作；負責做好統計工作；負責“互聯網+監督”相關工作；負責移民后期扶持績效評價工作。
3、工程股。負責庫區和移民安置區基礎設施建設及經濟發展中長期規劃和年度計劃有關工作；按規定管理由移民資金投資的移民開發工程項目，協助督查驗收；負責協調新建、在建水庫移民安置有關工作和移民重點項目前期工作；負責庫區和移民安置區產業開發、科技推廣等相關工作；負責指導全市移民培訓工作；負責移民項目數據庫建設及相關統計和工程項目資料的收集、整理、歸檔工作；負責立項爭資和扶貧有關工作。負責庫區和移民安置區后期扶持長期規劃和年度計劃有關工作；負責移民的信訪工作，協調及做好庫區和移民安置區的社會穩定工作；承擔移民對口幫扶及計劃生育有關工作；負責落實市政府為民辦實事工作。
4、資源中心。負責組織、指導庫區資源的統一開發、協調庫區各項社會事業建設發展，統籌做好庫區水利建設、交通建設、庫區維護管理等協調工作，以及協助庫區移民人口的動態管理、移民培訓等工作。