市自然資源局設下列內設機構(均為正股級)
一、辦公室。負責機關日常運轉工作。負責機關文電、會務、接待、綜合信息、新聞宣傳報道、信訪、網絡輿情監管、保衛、環衛、物業管理等工作；負責牽頭組織辦理人大代表意見、政協委員提案；機關建設和“雙創”工作；承擔組織編制自然資源發展戰略、中長期規劃、年度工作計劃等綜合調研工作。協調自然資源領域綜合改革有關工作；負責聯系社區工作。
二、人事股。負責全局干職工隊伍建設；承擔全局人事管理、機構編制、勞動工資、社會保障、績效考核、紀檢監察、統計工作、人事檔案和教育培訓等工作。
三、財務股（內部審計辦公室）。負責自然資源專項收入征管和專項資金、基金的使用、撥付及運用監督；擬訂部門財務、資產管理規章制度，負責招商引資和立項爭資工作，負責編制和實施部門預決算和預算績效評價；負責局機關實施政府采購（招標）、參與其他各類項目的采購與招投標，并歸檔各類項目資料，負責固定資產的統籌、調配、處置等工作；主持系統內的審計（含項目的工程審計），承擔國庫集中支付工作；管理基本建設及專項投資；承擔財政資金的結構優化和監測工作；負責全局財務核算和日常財務管理工作；指導、監督局屬各單位財務工作。
四、法規股。承擔全局有關規范性文件、合同等法律文書的合法性審查和清理工作；組織開展法治宣傳教育、普法宣傳教育和推進依法行政的有關工作；承擔行政復議、行政訴訟和行政裁決的有關工作；負責指導監督行政執法工作、綜治維穩工作；參與各類聽證會、負責組織征地聽證等工作。
五、自然資源調查確權監測股。依照自然資源調查監測評價的指標體系和統計標準，建立自然資源定期調查監測評價制度并組織實施；定期組織實施全市自然資源基礎調查、變更調查、動態監測和分析評價；開展水、森林、草原、濕地資源和地理國情等專項調查監測評價工作；承擔自然資源調查監測評價成果的匯交、管理、維護、發布、共享和利用監督。落實各類自然資源和不動產統一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的制度、標準、規范；負責指導監督全市自然資源和不動產確權登記工作；負責由本級承擔的自然資源確權工作；建立健全全市自然資源和不動產登記信息管理基礎平臺；負責自然資源和不動產確權登記人員培訓及上崗資格審查；承辦建設用地權籍審查工作；指導不動產登記資料管理。負責基礎測繪和測繪行業管理；負責測繪資質資格與信用管理，監督管理地理信息安全和市場秩序；負責地圖管理、地理信息公共服務工作。組織實施地方測量標志的設立和保護；承擔全市地理空間數據的匯集、共享工作；負責全市航空航天遙感影像數據的統一獲取、處理、提供；負責測繪勘察管理。
六、自然資源所有者權益和開發利用股。負責全民所有自然資源資產管理和收益管理，組織實施資產清查；建立全民所有自然資源資產管理臺賬，及時填錄全民所有自然資源資產信息系統和動態監測監管系統，編制全民所有自然資源資產負債表；負責全市低效用地和空閑地的調查認定和處置管理工作，依法收回閑置土地；負責超容積率補繳出讓價款工作。負責自然資源開發利用和節約集約利用，實施自然資源資產有償使用及自然資源市場監測監管；負責建立政府公示基準地價等自然資源價格體系，組織開展自然資源等級和價格監測，監督管理全市自然資源評價評估中介機構和人員；編制年度土地供應計劃，負責全市國有建設用地使用權以劃撥、出讓、租賃等方式統一供應；負責國有建設用地使用權出讓方案的擬制、呈報及實施，負責市經營性建設用地出讓聯席會的議題、文件、資料準備和會議紀要；負責國有建設用地使用權出讓合同的簽訂，土地出讓價款的收取和契稅把關；負責土地出讓金核算返還；負責污染后土地再利用。
七、自然資源規劃核驗股。負責自然資源供后動態監測管理；承辦建設工程項目用地的竣工核驗；負責批后在建項目的放樣驗線；指導項目建設方與施工方按規劃進行建設；實時跟蹤核驗在建項目規劃實施情況，對閑置和違建及時反饋給執法大隊處理；負責建設項目規劃核驗和竣工驗收，對竣工驗收時發現的未按規劃要求實施的項目提出整改意見。
八、國土空間規劃股。負責組織編制、修改、報批市級國土空間規劃，市級總體規劃、專項規劃，近期建設規劃和重要地塊詳細規劃；建立國土空間規劃實施檢測、評估和預警體系；擬訂市級政策性文件。
九、規劃技術股。負責規劃技術管理工作，指導解決規劃設計有關的技術問題；負責組織制定有關城市規劃技術管理規定、規程及內部業務流程；承擔規劃項目的技術審查和評審工作；承擔市國土空間規劃委員會辦公室的具體工作；提出規劃設計要點，參與項目建設工程的規劃審查與驗收核實。
十、村鎮規劃股。組織落實中央及省市各級對各鎮村規劃的有關政策、制度、標準、規范及工作要求，并監督實施；指導各鎮國土空間規劃和村莊規劃的編制、審查、報批和備案工作；參與各鎮大、中型建設項目的用地選址和各建設工程項目審查辦理許可的服務與指導；指導各鎮村民建房審查、報批工作；組織對各鎮規劃工作人員的培訓；負責各鎮規劃管理數據資料的統計工作。
十一、國土空間用途管制股。牽頭負責用地項目的選址，落實國土空間用途管制制度和技術標準并監督實施；提出土地年度利用計劃并組織實施；負責土地用途轉用的預審、審核、報批工作；負責城鄉規劃管理等用途管制政策并監督實施；擬訂全市征地拆遷補償安置的政策草案；指導和監督市級征地拆遷補償安置相關工作。
十二、耕地保護監督股。擬訂并實施耕地保護政策，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護，負責永久基本農田劃定、占用和補劃的監督管理；負責土地復墾、承擔耕地占補平衡管理工作；負責耕地保護政策與林地、草地、濕地等土地資源保護政策的銜接；負責后備資源調查、耕地質量等別更新和全市設施農用地管理工作。
十三、國土空間生態修復管理股。擬訂國土空間生態修復規劃；承擔指導國土空間綜合整治、增減掛勾等工作；承擔礦山地質環境恢復治理等工作；承擔土地開發項目的立項、選項、設計變更批復及行政驗收等工作；承擔生態保護補償相關工作。
十四、地質勘查和礦產資源管理股。組織礦業權管理政策實施；負責發證礦業權出讓、交易管理及審批登記發證工作；指導全市采礦權、探礦權審批登記；調處發證及跨區域發證權屬糾紛；督促礦業權人開展保護性開采的特定礦種、優勢礦產的開采總量控制及相關管理工作；負責礦業權的查封、過戶等協助執行事項；負責礦業權出讓收益管理。擬訂礦產資源戰略、政策和規劃并組織實施，監督指導礦產資源合理利用和保護；承擔礦產資源儲量評審、備案、登記、統計和信息發布及壓覆礦產資源管理、礦產地戰略儲備工作；實施礦產儲量動態管理，建立礦產資源安全監測預警體系；監督地質資料匯交、保管和利用，監督管理古生物化石。牽頭負責全局安全生產工作。管理地質勘查行業和全市地質工作；監督管理本級地質勘查項目，組織實施重大地質礦產勘查工作；監督指導開展地質災害工程治理；監督管理地下水過量開采及引發的地面沉降等地質問題；依法管理地質環境等工作。
十五、自然資源和規劃督察辦公室。擬訂全市自然資源和規劃督察政策、工作規則并組織實施；負責落實全市自然資源督察相關政策和制度，聯系上級督察機構；承擔對鄉鎮人民政府自然資源和國土空間規劃等法律法規執行情況和有關專項督察檢查工作。擬訂自然資源衛片執法檢查、政策工作規則并組織實施；指導督促局下級督查室及各鄉鎮自然資源衛片執法檢查工作。
十六、行政審批服務股。負責自然資源部門進駐市政務中心窗口的全部工作，牽頭組織本部門行政審批制度改革相關工作；負責組織對業務流程進行動態跟蹤和研究；負責局電子政務系統管理工作及政務公開工作；負責本單位對企業和個人辦理行政審批和管理服務事項的受理、審核（審批）、送達和綜合協調;負責營商環境；負責做好“多規合一”在線審批及與其他部門的業務對接；負責協調“一門式”服務；負責“放管服”改革、互聯網+政務服務工作；承辦建設工程項目用地開工申報，負責全市建設工程項目的建設用地規劃許可和建設工程規劃許可；負責房改房上市、出讓土地續期等相關的手續辦理。