辦公室。
協助局領導組織協調機關日常政務工作;負責會務、信息、檔案、新聞宣傳、機關后勤、文字等工作。承擔政務公開、重大突發事件應急協調工作。承擔市委農村工作領導小組辦公室的具體工作。.
人事股。
承擔機關及所屬單位的干部人事、機構編制和勞動工資計劃等工作;負責離退休人員管理服務工作;負責機關和所屬單位的黨群工作;依法實施農業農村人才專業技術資格和從業資格管理;指導農業農村人才隊伍建設。
政策法規股（行政審批改革股）。
貫徹執行農業農村法律、法規和規章制度;承擔執法監督工作，指導農業行政執法體系建設和農業綜合執法工作;承辦本局行政復議、有關文件合法性審查工作，組織行政應訴、普法宣傳、執法人員培訓考核工作。統籌協調“放管服”改革和行政審批制度改革，負責政務公 開有關工作。
財務股。
負責局機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。參與農村金融、農業保險的政策制定。指導監督局系統財務、資產和政府采購管理工作。
發展規劃股。
貫徹國家鄉村振興戰略有關政策和農業農村經濟發展戰略規劃，擬訂農業農村項目規劃年度計劃并監督實施。負責農業農村專項資金項目的儲備和立項申報工作，負責農業農村招商引資工作。組織農業資源區劃工作，指導農業區域協調發展。承擔農業產業扶貧開發工作。承擔農業涉外事務、農業援外項目實施和合作交流事務等相關工作。
鄉村產業發展股。
組織協調鄉村產業發展。起草促進鄉村特色產業、農產品加工業、休閑農業和鄉鎮農業企業發展的政策措施并指導實施。提出農業產業化經營發展的政策建議。指導開展農村創業創新工作。
市場與信息化股。
編制農業農村經濟信息體系、大宗農產品市場體系建設規劃。組織開展主要農產品市場預警，提出市場調控的政策建議。承擔農業品牌建設有關工作。組織開展農產品和農業生產資料供求、價格分析和監測預警。發布農業農村 經濟信息，指導農業信息服務。承擔農業統計和農業農村信息化有關工作。
科技教育股（市農業轉基因生物安全管理辦公室）。
擬訂全市農業科技創新體系、農業產業技術體系、農業技術推廣體系和農民教育培訓體系的有關政策、規劃、計劃并指導實施; 組織農業科研、技術引進、成果轉化推廣工作;協助上級主管部門承擔農業科技成果管理和農業轉基因生物安全監督管理工作; 指導農業教育和職業農民培育。
農業資源保護與利用股。
指導農用地、農業生物物種資源及農產品產地環境保護和管理。指導農村可再生能源開發利用、節能減排、農業清潔生產和生態循環農業建設。指導實施全市鄉鎮沼氣工程建設。承擔外來物種管理相關工作。組織指導重 金屬污染耕地修復和安全利用工作。
農產品質量安全監管股（市綠色食品辦公室）。
組織實施農產品質量安全監督管理有關工作，報送有關農產品質量安全信息。指導農產品質量安全監管體系、檢驗檢測體系和信用體系建設。承擔農產品質量安全標準、監測、追溯、風險評估等 相關工作。負責綠色食品管理、農產品認證監督管理工作。
種植業管理股。
起草種植業發展政策、規劃并組織實施。指導種植業結構和布局調整及標準化生產工作，發布農情信息。承擔種植業抗災、減災和救災相關工作。承擔市內植物檢疫、農作物重大病蟲害防治有關工作。
種業管理股（農藥管理股）。
起草農作物和畜禽種業發展政策、規劃并指導實施。組織實施農作物種質資源、畜禽遺傳資源保護和管理。監督管理農作物種子、種苗。組織救災備荒種子的儲備、調撥。承擔農業植物新品種保護工作。承擔肥料有關監督管理，以及農藥生產、經營、使用和安全質量監督管理，指導農藥科學合理使用。
農田建設與農墾股。
提出農田建設項目需求建議。承擔耕地質量管理相關工作，參與開展永久基本農田保護。承擔農業農村系統基本建設項目、農業綜合開發項目、農田整治項目、農田水利建設項目管理工作。貫徹落實國家農墾經濟發展戰略、政策、規劃，指導墾區現代農業建設。承擔發展節水農業相關工作 。
畜牧水產管理股。
起草畜牧業、飼料業、漁業發展政策和規劃并指導實施。指導畜牧業結構調整、標準化生產和規模飼養。監督管理種畜禽生產、畜禽屠宰、飼料及其添加劑和生鮮乳生產收購環節質量安全。指導畜禽糞污資源化利用。監督管理獸醫醫政和獸藥藥政。負責動物防疫體系建設，組織實施市內動物防疫檢疫及衛生監督工作。指導全市重大動物疫病防控工作。配合有關部門制定血吸蟲病防治工作計劃并組織實施。保護和合理開發利用漁業資源，指導水產健康養殖和水產品加工流通，組織水生動植物病害防控。組織漁業水域生態環境及水生野生動植物保護，監督管理漁政漁港。指導漁業安全生產。