一、內設機構
市環境保護局設8個內設機構：
（一）辦公室
協助局領導組織、管理、協調機關日常工作；負責機關文電、調研、宣傳信息綜合、會務、機要、保密、檔案、政務公開、督查督辦、政務協調和信訪等工作；負責機關行政后勤；綜合協調人大代表建議、政協委員提案的辦理。負責重大環境污染事故、市域范圍內環境污染糾紛的情況通報和聯絡工作。
（二）人事股
負責機關和二級機構人事管理、機構編制等工作；負責機關和二級機構干部隊伍建設及后備干部的管理工作；負責機關和二級機構離退休人員管理工作;負責機關和二級機構計劃生育工作。
（三）財務股
負責機關和二級機構財務和國有資產管理工作；監督管理排污收費工作；負責環保項目資金、環保貸款資金和其他專項資金的管理、內部審計工作。
（四）法制宣傳股
負責環境保護有關行政復議、行政賠償和應訴等工作；負責機關規范性文件的合法性審核；組織開展環境保護執法檢查活動，指導和監督環境保護依法行政工作；組織、指導和協調全市環境保護普法宣傳教育工作，牽頭組織推動環境友好型社會建設工作;負責人大代表建議、政協委員提案的辦理回復工作；組織環境保護科技示范工程、環境保護科技成果推廣和應用；監督環保科技市場；指導和推動環境保護產業發展；參與應對氣候變化工作。
（五）監督管理股
擬訂全市環境保護規劃、專項環境功能區劃規劃、年度計劃并組織實施；負責城區環境綜合整治及有關考核；監督管理飲用水水源地環境保護工作；負責污染源限期治理和達標排放。擬訂并組織實施固體廢物污染環境防治規劃；負責固體廢物處置、危險廢物經營和轉移的監督管理；負責可用作原料的固體非廢物進口許可的呈報工作；負責全市核與輻射事故應急管理工作以及核安全和輻射安全的監督管理。對核設施、放射源和電磁輻射、核技術應用、伴有放射性礦產資源開發利用中的核與輻射污染防治、防護和安全實行監督管理；負責放射性同位素、射線裝置的生產、銷售、使用的報批工作；負責輸變電設施及線路、信號臺站等電磁輻射裝置和電磁輻射環境的監督管理；負責核與輻射應急響應和調查處理；指導全市輻射環境監測工作。調解轄區輻射污染引起的民事糾紛；開展輻射污染防治宣傳教育和科普工作。
（六）總量減排股
承擔落實減排目標責任。擬訂主要污染物排放控制總量，提出實施總量控制的污染物名稱和控制指標，督查、督辦、核查全市污染物減排任務完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核并公布考核結果；負責審核增加主要污染物排放總量新擴改建項目的總量目標；負責環保統計和污染物普查工作；負責擬訂重點排污企業年度減排目標并監督實施。
（七）生態保護股
貫徹落實國家自然生態環境保護法律、法規和規章；負責監督管理市級自然保護區、風景名勝區及森林公園工作，監督指導生態旅游發展工作；監督自然資源開發利用活動中的生態環境保護工作；指導并監督生態破壞整治工作；監督管理生物技術環境安全工作；監督管理全市農村生態環境保護工作，指導生態示范區建設工作；負責生態環境破壞事件的調查處理；協調相關部門監督管理全市畜禽養殖的環境保護工作。
（八）政務服務股
負責環境保護行政許可、非行政許可審批及服務性項目的綜合協調；組織建設項目環境影響報告書（表）的申報和環境影響登記表的審批工作；負責排污許可證的審批和核發工作；負責新建項目的環境保護設施試運行申報，以及新建項目“三同時”制度和環境影響評價執行情況的監督管理工作；負責危險廢物的經營許可和審批工作；負責污染防治設施的拆除、閑置許可及審批工作；負責局機關招商引資工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。