一、內設股室工作職責
1．辦公室。負責機關日常運轉工作;承擔文電、會務、調研信息、保密、后勤、政務公開、檔案、政務督查督辦等工作；負責意識形態、安全生產、綜治維穩、統戰、五城同創等工作；負責機關工會工作；組織協調人大代表建議、政協委員提案辦理工作；承擔生態環境信息網建設工作和局機關績效考核工作。
2.綜合協調股。會同同級有關部門擬訂生態環境保護規劃、規范、制度，經批準后組織實施；會同同級有關部門編制重點區域、流域、飲用水水源地生態環境規劃和水功能區劃；組織生態環境統計、污染源普查和生態環境形勢分析；承擔污染物排放總量控制的綜合協調和管理工作；組織協調企業環境信用評價工作；擬訂生態環境年度目標和考核計劃，負責協調市對縣（市）、組織對各鄉鎮（街道）和有關縣（市）直單位的年度考核績效評估。協調配合中央和省生態環境保護督察相關工作；監督、指導、協調生態環境保護督察反饋問題整改工作；對同級有關部門（單位）貫徹落實生態環境保護決策部署情況、對生態環境保護督察反饋問題整改情況、對“黨政同責”“一崗雙責”落實情況進行督查督辦，對貫徹落實不到位、整改不力的提請問責。組織協調生態文明體制改革相關工作。承擔縣（市）生態環境保護委員會辦公室具體工作。
3.法規與宣傳教育股。負責分局機關規范性文件的合法性審查工作；監督指導生態環境保護綜合行政執法工作，負責干部職工教育培訓工作；組織開展生態環境保護執法檢查活動；承擔機關行政復議、行政應訴等工作；組織指導和協調生態環境宣傳教育工作，推動社會組織和公眾參與生態環境保護；負責新聞審核和發布，指導生態環境輿情收集、研判、應對。承擔生態環境科技和環保產業發展相關工作。
4.人事與財務股。負責黨建、紀檢監察、政工人事、機構編制、脫貧攻堅、離退休人員管理與服務工作；負責分局機關及所屬單位財務、國有資產管理、內部審計等工作。
5.土壤與自然生態保護股。負責本轄區土壤與自然生態保護、固體廢物、化學品污染防治的監督管理，組織擬訂土壤、自然生態保護、固體廢物、化學品等的污染防治管理制度并監督實施。監督指導受污染的土壤及礦山生態修復工作；負責生態保護紅線監管工作；組織指導城鄉生態環境綜合整治工作，監督農業面源污染治理工作；指導協調和監督生態保護修復工作，監督管理對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導協調和監督各類自然保護地的生態環境保護工作；監督野生動植物保護、濕地生態環境保護等工作；指導協調和監督農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，牽頭生物物種（含遺傳資源）工作，組織協調生物多樣性保護工作，參與生態保護補償工作。負責實施危險廢物經營許可、固體廢物轉移許可、新化學物質環境管理登記等環境管理制度，審核固體廢物進口、跨省轉移申請，承擔跨區縣（市）危險廢物轉移聯單發放、登記、管理等工作。負責土壤與自然生態保護、固體廢物、化學品污染防治項目申報并監督管理項目實施。
6.水生態環境股。負責本轄區水污染防治的監督管理，組織擬訂水生態環境污染防治管理制度并監督實施。負責本轄區地表水和地下水生態環境監管工作；擬訂并監督實施重點流域生態環境規劃和水功能區劃，監督管理飲用水水源地生態環境保護工作；負責入河排污口設置管理；負責水生態環境項目申報并監督管理項目實施。負責河長制相關工作，承擔防汛抗旱相關中心工作。
7.大氣環境股。負責本轄區大氣、核與輻射污染防治的監督管理，組織擬訂大氣、核與輻射污染防治管理制度并監督實施。組織協調應對氣候變化和溫室氣體減排工作；監督指導區域大氣環境保護工作，組織實施區域大氣污染聯防聯控協作機制。負責核與輻射安全的監督管理，牽頭核安全工作協調機制有關工作，參與核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理；監督管理核設施和放射源安全，監督管理核設施、核技術應用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用活動中的污染防治；對核材料管制和民用核安全設備的設計、制造、安裝及無損檢驗活動實施監督管理。負責大氣、核與輻射污染防治項目申報并監督管理項目實施。
8.環境影響評價與排放管理股（行政審批改革股）。負責生態環境準入的監督管理，組織實施生態環境準入清單；按規定審批或審查開發建設區域、規劃、項目環境影響評價文件；統籌協調“放管服”改革和行政審批制度改革，牽頭負責“互聯網+”平臺建設、管理和使用；負責權限內生態環境縣（市）級行政審批事項的集中辦理。負責現有排污單位排污權指標初始分配核定，按標準征收有償使用費，對排污單位排污權指標使用情況、排污權交易活動實施監督；負責儲備排污權，受市政府委托行使需求方或出讓方的職責。
二、二級機構工作職責
1.益陽市沅江生態環境保護綜合行政執法大隊。負責本轄區重點污染源在線監控系統現場監督管理；負責受理和辦理生態環境保護舉報（信訪），負責生態環境信訪維穩事件的現場調查處置工作；負責生態環境縣級執法事項違法案件調查處理；負責組織協調生態環境保護縣級跨部門聯合執法行動；監督指導鄉鎮（街道）綜合行政執法機構履行生態環境違法行為日常巡查、接受投訴舉報、協助調查取證等職責，建立鄉鎮（街道）綜合檢查與縣級專業執法協調配合機制。
2.益陽市沅江生態環境監測站。負責實施國家和省生態環境監測制度、規范、標準；負責本轄區生態環境執法監測、污染源監測和應急監測；配合做好國控和省控生態環境質量監測站點設置工作。